他们核心区别在于，bson在json基础上增加了数据日期、文档类型，并支持二进制传输；而protocol buffer则对传输数据和结构定义进行了分离。一般来说与浏览器通信通常使用json，如果需要跨语言通信，且考虑效率，则可以采用protocol buffer。
JSON
特点：
文本存储和传输，结构与数据一体，肉眼可识别
优点：
- 通用性好，各种语言都支持；
- 可用于存储
缺点：
- 采用文本传输，占用体积大，传输性能差
- 序列化，反序列化性能较差
- 不支持二进制，日期等数据类型
Bson
特点：
采用二进制传输，结构与数据一体
优点：
- 在json基础上增加二进制和日期等格式；
- 传输性能较好
- 序列化，反序列化性能较好
缺点：
- 多语言支持一般
- 传输数据与结构定义仍然在一体
Protocol Buffer
特点：
结构定义与传输数据分离，只传输二进制数据
优点：
- 用protoc工具可以根据proto文件生成各种语言对应代码
- 字段被编号，新添加的字段不影响老结构，解决了向后兼容问题。
- 二进制无结构消息，效率高，性能高。
缺点：
- 二进制格式，可读性差（抓包dump后的数据很难看懂）
- 默认不具备动态特性